Redendes Wappen bezogen auf die Burg Bärenburg, das historische Verwaltungszentrum der Talschaft.

Münzfunde aus der frühen Kaiserzeit weisen darauf hin, dass die Römer wohl schon bei der Eroberung ihrer Provinz Raetia (ab 15 v. Chr.) in Andeer vorbeikamen. Man nimmt an, dass die damalige Ansiedlung mit der Name Lapidaria bereits damals ein wichtiger Etappenort auf der Reise über die Alpen wurde. Südlich des Dorfes, beim Weiler Bärenburg, liegen die Ruinen der einstigen Burg Bärenburg.
Der Bau von Fahrstrassen über die Pässe Splügen und San Bernardino brachten um 1820 einen Aufschwung der mit der Eröffnung der Eisenbahntunnels durch die Alpen gegen Ende des 19. Jahrhundert zum Niedergang des Gütertransportes führte. Seit der Eröffnung des San-Bernardino-Strassentunnels im Jahre 1967 liegt Andeer wieder an einer vielbefahrenen Route (A 13).

Bis zur Mitte des 20. Jahrhunderts wurde in Andeer mehrheitlich rätoromanisch gesprochen. Seither gewinnt das Deutsche langsam, aber stetig an Terrain.

1850 hatte Andeer 591 Einwohner und seit 1840 eine Postablage.