Die Deichsel verweist entweder auf die Vereinigung von Vorder- und Hinterrhein in der Nähe des Ortes hin, oder aber auf die Gabelung der Verkehrsströme zu den verschiedenen Alpenpässen. Der Stern verweist auf das Patrozinium der Pfarrkirche: die heilige Anna oder Maria.

Archäologische Funde aus der späten Latènezeit und ein Gräberfeld (über 700 Gräber) im Dorfteil Valbeuna deuten auf eine frühe Besiedlung hin. Auf dem Gebiet von Bonaduz befindet sich hoch über dem Vorderrhein die Ruine Wackenau.
960 erstmals erwähnt als Beneduces, rätoromanisch Panaduz.
Am 11. Juli 1908 wurde Bonaduz von einer Feuersbrunst heimgesucht. Innerhalb weniger Stunden wurde beinahe das ganze Dorf zerstört: 199 Firste, 83 Häuser, ebenso viele Ställe und einige Schöpfe brannten ab. Dabei verloren 562 Bewohner ihr Obdach. Den Brand verursachten zwei Knaben, welche in einem Stall mit Streichhölzern gespielt hatten. Dank grosszügiger Hilfe aus der Region konnte Bonaduz schnell wieder aufgebaut werden.

1850 hatte Bonaduz 648 Einwohner und besass seit 1841 eine Postablage.